Uganda-joen saastumisen katsotaan johtuvan myös syövän ja ruoansulatuskanavan sairauksien lisääntymisestä Uganda-joen läheisyydessä. Tautien esiintyvyys on alkanut lisääntyä viimeisten neljän vuoden aikana, kun maapallon ilmastokriisi on pahentunut.
Joen alueen ekologinen tilanne voi vaikuttaa myös luonnonsuojelualueisiin. Queen Elizabethin kansallispuisto, joka on Unescon suojelukohde, sijaitsee lähellä.